01?菌株的种属判断与基因组功效注释
基于心理与生化实验的一系列效果及16S rRNA的剖析,菌株被归属到假单胞菌Pseudomonas。选取属内代表菌株,基于全基因组剖析效果,被分类到Pseudomonas?mosselii?(图1A)。对P.mosselii?5(3)二代测序,组装获得的基因组全长5,676,241 bp,GC含量64.38%。菌株P.mosselii 5(3)含有5134个基因,其中56.8%的基因功效能被KEGG数据库注释,尤其是外詂i镏噬锝到庥氪弧癤enobiotics biodegradation and metabolism”这个分类中有凌驾60个功效基因,它们主要加入降解种种芬芳族化合物(乙苯、硝基甲苯、二甲苯、苯乙烯、萘、多环芳烃、氨基苯甲酸酯、二恶英等)。此外,在基因组中还发现了可能加入全氟羧酸脱羧和脱羰基化的酶的编码基因,如加入氟化物脱卤历程的卤烷脱卤酶基因(dhaA)和卤乙酸脱卤酶H-1基因(dehH1)。
02?在C7-C10全氟羧酸生长体现
细菌为了在全氟羧酸上生长,需要将其运输到细胞中,合成一种能够断裂C-Fjian的高效酶,并识别有毒的氟离子,随后将其从细胞中倾轧。本研究发现:以上的障碍对于P.mosselii?5(3)都不是问题,由于它能够在以C7-C10 全氟羧酸作为唯一碳源的矿物作育基上优异生长,而6-7天后,其生物量到达峰值。
03?剖析C7-C10全氟羧酸的降解途经
全氟羧酸的生物降解可能包罗多个步骤:脱羧、羟基化和脱氟。LC-MS检测了菌株以全氟羧酸为碳源生长的作育液的代谢物,接纳离子交流色谱检测氟离子,并团结基因组中编码加入脱羧、羟基化和脱氟反映的酶,绘制出下图所示的生物降解途径。
1.?菌株P.mosselii?5(3)疏散自杀虫剂污染的土壤,首ci报道了它能降解C7-C10全氟羧酸。
2.?菌株的基因组测序发现了之前未在微生物中报道的基因,包罗氟化合物降解关jian的酶或卵白,如卤烷脱卤酶基因、卤乙酸脱卤酶H-1基因、氟离子转运基因和烷磺酸单加氧酶基因。
3.?LC-MS剖析效果批注,转化是由全氟己酸引起的,陪同氟离子的释放。
4.?菌株P.mosselii?5(3)在分子层面上证实具有剖析C7-C10 全氟羧酸的高潜力,gai项研究将有助于探索菌株在降解全氟羧酸的细胞生物学历程和相关生物手艺的开发,以恢复受有机氟化物污染的环綾hang
Chetverikov S, Hkudaygulov G, Sharipov D, et al. Biodegradation Potential of C7-C10 Perfluorocarboxylic Acids and Data from the Genome of a New Strain of Pseudomonas mosselii 5 (3)[J]. Toxics, 2023, 11(12): 1001.