2023年8月,壹定发生物用户俄罗斯科学院托木斯克国家研究医学中心癌症研究所的Anastasia Frolova博士在国际刊物Bulletin of Experimental Biology and Medicine在线揭晓题为“Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing”的研究效果,gai研究团队开发了多种肿瘤活检标本的解离要领,均乐成制备了高于80%活力的细胞悬浮液,通过GenoLab M测序仪举行scRNA-seq后,最终确定了样品制备的最佳方式为:机械解离后,添加DNAase I的胶原酶/蚲ai髦仕崦富煜镆黄鸱跤60分钟。gai研究优化了肿瘤活检组织制备单细胞悬浮液以举行单细胞RNA测序的要领。
肿瘤具有显著的细胞异质性,涉及到多种细胞类型,相识其细胞间相互作用对疾病治疗至关主要。单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平举行高通量转录组测序的一项新手艺,能够有用解决细胞异质性以及组织转录组测序(bulk RNA-seq)被掩饰的细胞群内转录组异质性难题。近年来,scRNA-seq提供了研究肿瘤细胞生物学特征和基因表达的新视角,但只有制备出高质量的单细胞悬浮液样本,才气开展scRNA-seq研究。
gai研究优化肿瘤活检样本制备单细胞悬浮液的要领。他们通过机械离解和酶解离的组合,特殊是机械离解团结胶原酶/蚲ai髦仕崦富煜锏氖褂茫钪栈竦昧酥辽80%存活率的单细胞悬浮液。在获得的悬浮液样本中,举行了scRNA-seq剖析,乐成判断了差异细胞类型,包罗肿瘤细胞、单核细胞、T细胞、B细胞、树突状细胞和自然杀伤细胞。图1是详细的scRNA-seq测序流程,从获得肿瘤活检组织开shi到scRNA-seq测序获得差异的细胞亚群的全历程。
gai研究为scRNA-seq提供了可靠的样本制备要领,能够获得高质量、高存活率的单细胞悬浮液。这种要领的乐成为未来肿瘤生物学研究提供了主要工具,有望资助科学家更周全地明确肿瘤细胞之间的交互作用和基因表达差异,为个性化医疗和肿瘤治疗战略的设定提供支持。
Frolova A A, Gerashchenko T S, Patysheva M R, et al. Preparation of a Single-Cell Suspension from Tumor Biopsy Samples for Single-Cell RNA Sequencing[J]. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 2023, 175(4): 519-523.