*以下为gai研究效果解读
结 果 概 要
01 基于多NGS平台的WGS的SV检测
研究接纳了16种常用的剖析软件对各NGS测序平台的WGS数据划分举行SV检测,并举行了软件间、平台间的横向较量剖析。效果批注:剖析软件在差异的测序平台上体现迥异;一致性剖析方面,测序平台间的差异显着小于剖析软件;多个NGS平台体现相当;剖析软件Manta和GRIDSS在检测种种型SV方面综合体现最优。
02?各平台缺失型SV检测效果的较量
随后,研究人yuan选择F-score相对较高的六种软件(FermiKit、GRIDSS、LUMPY、Manta、TARDIS和Wham)深入评估了四个平台对缺失型结构变异(DELs)检测的准确性。效果批注:各NGS平台检测到的真阳性DELs的数目相当,一致性靠近,前三的剖析软件是Manta、LUMPY和GRIDSS。Manta和LUMPY在四款测序平台共有的DELs最多(71.2%和73.9%)。
03?细分DEL长度上的体现
最后,针对差异长度的DELs,评估四款测序平台和六种软件的性能。效果显示:一些软件在特定的巨细规模内体现优异,差异的软件存在着显著差异。Manta检测出SS型缺失(<100 1-100="">100 Kb)的检测具有绝对优势。总之,LUMPY、Manta、TARDIS和GRIDSS在M和S型缺失的检测体现优异,在SS型缺失的检测中Manta相秠uan硐肿詈谩
结 论
gai研究的创新点在于周全较量了多个NGS平台的性能,为特定类型的SV研究提供了有用和周全的指导。此外,研究人yuan发现未能检测到的SV主要泉源长读长的数据集,这给未来更准确的SV检测提供了指导。因此,此项研究对于生物信息学SV研究,尤其是选择适合其研究目的的最佳工具清静台,具有一定的指导意义。
参 考 文 献